现在我们转向意识研究中最著名的难题：身体还是心灵问题。人体和大脑中的某些物理过程会产生意识思维，但它们究竟是怎么形成的，为什么会出现呢？神经元、突触和轴突的物理世界与我们有意识的主观体验之间，到底存在什么关系？这是科学和哲学中最古老也是最艰难的问题之一。澳大利亚哲学家大卫·查尔莫斯(David Chalmers)称之为意识的难题。
有关这个课题的研究至少可以追溯到柏拉图。在《斐德罗篇》一书中，他提出一种人类行为模型，大脑中的某个控制推理的部分就像马车夫一样，控制着两匹马的缰绳——其中一匹马代表理性、高尚的渴望，另一匹代表不合理或者无意义的欲望。一个人一生的道路取决于他的马车夫是如何控制这两匹马的。印度哲学经典《奥义书》里也出现过类似观点[147]。
把理性的自我视为马车夫是一个很好的比喻，毫无疑问，它挺可爱的——我更倾向接受控制自我内心高尚和卑劣的部分这个理论——不过它也遇到了一个常见的心灵理论上的问题。柏拉图把马车夫想象成某种“心灵”，但他所得出的结论说，人类的心灵是由另一个心灵(即马车夫)控制的，哲学上称之为侏儒问题(侏儒的意思是“小个子的人”，在这个例子中，侏儒就是马车夫)这样的解释是存在问题的，因为它实际上没有解释任何东西——只是把心灵的问题用另一个心灵问题来描述而已。