九州是耶稣在日本影响力最大的地方。传教士们一开始宣扬耶稣基督时还比较谦和，可一旦得势就开始飞扬跋扈起来。他们拆毁了日本人原来的寺庙，砸掉了日本人的神像，用他们的枪强迫成千上万的平民和贵族成为基督教徒。
幕府将军丰臣秀吉知道传教士的所作所为后，立即意识到情况的严重性。所以，他说：“基督教传教士来日本名义上是宣扬和平，其实他们别有用心。”
日本曾派使节拜访了教皇、西班牙国王和葡萄牙国王，但5年后，也就是1587年7月25日，却驱逐了所有的葡萄牙基督教牧师。葡萄牙商人仍可以在日本经商，但必须受日本政府的监督。葡萄牙传教士离开没多久，菲律宾的西班牙方济各会和多明我会的传教士又来了。他们称自己是朝见丰臣秀吉的使者，以期蒙混过关。这一伎俩很快就被戳穿了，他们仅仅是被日本政府警告了一下。他们得寸进尺，在江户和大阪建了教堂，又在长崎强占了一座耶稣会教堂。随后，他们开始公开反对耶稣会这个竞争对手，并斥责耶稣会传教时所使用的方法有讨好日本人之嫌。他们的嚣张引起了政府的警惕，于是，他们被丰臣秀吉驱逐出境了。日本人对那些西班牙牧师表现了极大的耐心和宽容，经过多年毫无成效的警告后，丰臣秀吉终于意识到：有些事情，是必须使用极端手段才能解决的。