1913年7月23日，按照事先计划，陈其美宣布上海独立。但这次也和以前一样，革命者举事迅速，失败也迅速。他们攻打的制造局防守严密，战斗中蒋介石还被一名哨兵抓获，但他设法逃了出来。
蒋介石失败了，但并没因此而失宠。在孙逸仙眼里，他甚至变得更坚强了。要说孙中山是个成功的革命领袖，似乎不大恰当，但蒋介石对他身处逆境所表现的勇气倍加钦佩。
御用的传记作者因此而认为他俩的亲密友谊即始于此时。这次革命失败后，他俩同赴日本寻求避难。他们的党被背信弃义的袁世凯取缔了，国民党领袖们眼睁睁地看着他们的民国在遭到极度痛苦的挫折后土崩瓦解了。不错，他们革命所发生的影响和作用遍及全国各地，但绝大多数地区传来的报告都令人沮丧。
南方的局势尤其险恶。陈其美认为，不管怎么说南方受革命影响较大，而真正的革命目标其实应该是北京和北方。孙博士认为他说的有道理，便将他派往大连，在那里花了6个月的时间进行实地调查，但结果一无所获。