这之后，他深为忧虑，亲赴重庆考察后，决心在荒凉的重庆沙坪坝，建成一所重庆的南开中学。1936年夏，校舍落成，定名“南渝中学”，当年九月正式开学。
人们赞叹他创造奇迹，是位魔术师，他却笑呵呵地回应说：“我不是魔术师，我是不倒翁。日本人把我打倒，我又站了起来！”
重庆是当时的陪都，因此南渝中学学生不少是高官子弟，有人称其为“贵族学校”，他却说：“一定要靠自己的努力和奋斗，不能依赖他人！”
当时南渝中学的确培育了大批社会精英，因为它注重的是提升学生的基本素质。除语文、数学等功课外，还包括逻辑思维、语言表达、如何开会、如何选举、如何表决的训练。总之，德智体美四育并进，这使每个学生终身受用不尽。
南渝中学是以对课业的严要求出名的，一般两门课不及格就要被“刷”。而品行或体育只要一门不及格就会被“刷”。有个学生在一年级上学期差一点就因为体育没有“达标”而被“刷”，后来靠其他功课成绩优良，承诺每天晚自习后跑八百米，才被允许升班续读。